Для парусно- моторной яхты «Дюгонь» допустимая высота волны, согласно высоты надводного борта ориентировочно равна 1,5 метра и это соответствует 2 классу с удалением от берега до 2км.
Онежское и Ладожское озера отнесены к бассейнам 1 разряда, в которые запрещен выход судов 2 класса. Плавание в бассейне 1 разряда было бы допустимо при наличии герметичной палубы даже при 2 классе судна.
Для катера «Краб»  затрудняюсь ответить, так как  приведенная высота борта является общей высотой, а не надводной.

А может, согласно Приложения № 2 к п. 2.4 Временных Правил классификации морских прогулочных судов (Приказ 497), соответсвовать 1 классу с допустимой высотой волны 1,0 м и удалением от мест убежища (берега) 2 мили (Вторая сторока таблицы для судов 1 класса). Таблица это интересная, вертеть ее можно так и сяк. И трактовать как кому интересно. Кстати, недавно в Питере, Арбитражный суд не принял данный Приказ 497 в качестве доказательства на том основании, что он не был опубликован в официальных источниках (можно еще добавить, что и в МинЮсте не был зарегистрирован) и не может считаться вступившим в силу. В общем, желаю нам всем понятных, легитимных и, самое главное, мудрых, в хорошем смысле этого слова, нормативных документов.

В 2008 году РРР изменил классификацию районов Онежского и Ладожского озер, теперь некоторые районы относятся к разряду "О", а не "М". как было раньше. А так как, согласно того же Приказа 497:
"Категории и разряды сложности районов плавания в морских бассейнах и на внутренних водных путях определяются Министерством транспорта Российской Федерации в установленном порядке", то изменилась и классификация этих районов ГИМС, они стали бассейнами 2 разряда. Пример по Ладоге:

Приказ 497, конечно может вызывать вопросы и не всегда трактуется однозначно, но в данном случае вы не правы надо пользоваться 1 строкой судов 2 класса (Приложения № 2 к п. 2.4 Временных Правил классификации морских прогулочных судов). Данная строка разрешает выход судна 2 класса в район плавания 1 разряда с высотой волны 1,5 м палубных судов с удалением от берега 6 миль, а беспалубных (мне непонятно) пропуск, хотя должно быть указано «запрещено». Если подумаете, наверно со мной согласитесь. Например, мы присвоим парусно- моторной яхте «Дюгонь» 1 класс, то каким образом можем ограничить выход ее в районы плавания с большей высотой волны.
Понятные, легитимные и, самое главное, мудрые, в хорошем смысле этого слова, нормативные документы, я думаю хотели бы иметь все.

Предлагаю ознакомиться с другим документом http://www.lawmix.ru/moscow-sydu/1438
На снимке одно из судов класса "О" о котором идет речь.

К сожалению не получается отвечать оперативно. Разницу между регистровыми и маломерными судами понимаю, но я давал ссылку основываясь на высоте волны в классификации тех и других судов.
Историю РРР знать всегда интересно.